Project S-11 est un shoot 'em up sur Game Boy Color. Les joueurs contrôlent le S-11 de combat, qui peut se déplacer librement à travers l'écran orienté de haut en bas. Des vagues d'ennemis viennent du haut de l'écran (et parfois le côté) que le joueur doit tenter de détruire pour gagner des points. Les joueurs peuvent recueillir des power-ups, ce qui rendra leurs armes plus puissante ou leur donnera une vie supplémentaire. Les joueurs devront battre un mini boss à mi-chemin du niveau, et un boss plus grand à la fin de chaque niveau.